Debido a sus características tan diferentes, se suele dividir el gran ecosistema de la Tierra en dos grandes tipos de ecosistemas:
Los ecosistemas acuáticos son los más grandes del planeta Tierra, ya que casi las tres cuartas partes del mismo están cubiertas por mares y océanos.
Las aguas continentales constituyen menos del 3% de la masa de agua del planeta. Los ecosistemas acuáticos de agua dulce son: ríos, arroyos, lagos, embalses... Estos ecosistemas dependen del ciclo del agua para mantener ese flujo constante de la corriente, desde las zonas de montaña hasta la desembocadura. El agua de estos ecosistemas no contiene casi sales, por eso se dice que es dulce.
Dentro de un mismo río, hay gran variedad de ecosistemas, ya que las características cambian (pendiente, velocidad de la corriente, transparencia y temperatura de las aguas...). Como cambian las condiciones del biotopo, también cambian los organismos, la biocenosis, que habitan en cada tramo.
En los lagos, humedales y embalses, el agua no discurre, sino que permanece más o menos estacada. Esto hace que los ecosistemas también tengan unas propiedades y comunidades de organismos diferentes a los ríos.