La presencia de la religión sigue siendo fundamental durante la Baja Edad Media. El papado se afianza como estado terrenal y el Papa es su monarca, como tal se ve envuelto en luchas entre señores.Teniendo en cuenta su autoridad moral sobre los reinos cristianos europeos son muchos los monarcas que pactan con el papado.

Las herejías y la Inquisición

Durante la Edad Media abundaron las herejías, algunos grupos, dirigidos generalmente por monjes separados de su orden, cuestionaban el dogma católico y predicaban sus nuevas doctrinas. Algunas herejías fueron apoyadas por el poder como vía para enfrentarse al Papa o al  rey. Así sucedió con los cátaros, cuya presencia en Occitania propició una cruzada para acabar con ellos y con los nobles que los apoyaban. A principios del siglo XIII se creó la Inquisición, tribunal que juzgaba las desviaciones de la fe.

Las cruzadas y las peregrinaciones

Fruto de esta importante presencia de la religión fueron las cruzadas. Jerusalén había pasado a formar parte del territorio islámico y los reinos cristianos se unieron en distintas oleadas para intentar conquistarlos.

Independientemente de su propósito religioso, las cruzadas abrieron un vínculo entre Occidente y Oriente y ampliaron la visión del mundo, favorecieron el conocimiento de otras culturas y abrieron nuevas rutas comerciales y culturales.

Al amparo de las cruzadas nacieron las órdenes militares, congregaciones a caballo entre lo religioso y lo militar cuyo objetivo era la defensa de la fe. Los templarios, hospitalarios (orden de Malta) y del Santo Sepulcro, entre otras adquirieron gran importancia y contaron con feudos tanto en Europa como en tierra santa. Como anécdota y prueba de su importancia, diremos que el testamento de Alfonso I el Conquistador, rey de Aragón, legaba el reino a estas tres órdenes.

Las peregrinaciones hacia Santiago contribuyeron al desarrollo religioso, económico, comercial y cultural de la ruta jacobea.